La preservación de la fauna y la flora terrestres ha sido la principal razón para el establecimiento de la mayoría de las áreas protegidas en los últimos 30 años. Sin embargo, aunque estas áreas puedan incluir cuerpos de agua, esto no significa necesariamente que la biodiversidad de los ambientes de agua dulce también esté protegida. En el presente estudio, se realizó el inventario de fauna de ocho arroyos (de primer, segundo, cuarto y quinto orden) de tres microcuencas de la Sierra de Japi, Reserva de la Biosfera del Bosque Atlántico reconocida por la UNESCO desde 1994, ubicada en el estado de São Paulo, sureste de Brasil. La hipótesis de este estudio es que la conservación de esta área es importante para el mantenimiento de la biodiversidad acuática de este bioma, por lo que este punto crítico mundial merece acciones de conservación prioritarias. Entre 2005 y 2007, se muestrearon macroinvertebrados bentónicos, peces y, eventualmente, anfibios anuros en estos arroyos. Los resultados mostraron que el Monte Japi contribuye a la conservación de 138 unidades taxonómicas de la biota acuática y abarca una biodiversidad rica y representativa de la fauna de agua dulce del mundo (0,2%), la región neotropical (0,9%), Brasil (2,4%) y el estado de São Paulo (17,9%). Los arroyos estudiados en el Área de Protección Ambiental (APA) ayudan a proteger taxones en peligro de extinción, como los peces Neoplecostomus paranensis y Pareiorhina cf rudolphi, y albergan invertebrados y peces de agua dulce cuya distribución se limita al territorio brasileño. El Monte Japi también es un importante refugio para especies que se encontraban ausentes, como la rana Vitreorana eurygnatha. Por lo tanto, este inventario de especies enfatiza la importancia de las acciones de conservación de los ambientes de agua dulce de esta Reserva de la Biosfera del Bosque Atlántico.