Este estudio evaluó la importancia de la bacterivoría de nanoflagelados heterotróficos (HNF) y ciliados en un ambiente subtropical mesotrófico (embalse Lobo-Broa, Brasil) mediante la cuantificación de sus tasas de ingestión. Los experimentos in situ con bacterias marcadas con fluorescencia (FLB) se llevaron a cabo bimensualmente durante un año (tres muestreos en la estación seca y tres en la lluviosa) en el subsuelo de dos puntos de muestreo con diferentes grados tróficos. Las tasas de ingestión tanto de ciliados como de HNF fueron mayores en la región mesoeutrófica (punto 2) debido a las mayores temperaturas del agua, que aceleran el metabolismo de los protozoos, y a las mayores densidades bacterianas. En cuanto a la bacterivoría total de protozoos, los HNF tuvieron el mayor impacto del pastoreo en la comunidad bacteriana, especialmente los HNF <5 µm. Los datos mostraron que el pastoreo de HNF, además de regular la abundancia bacteriana, también indujo cambios en la estructura de la comunidad bacteriana, como el aumento del tamaño y la cantidad de filamentos bacterianos. Los ciliados también fueron importantes para la bacterivoría del sistema, especialmente en el punto 2, donde se observaron altas densidades y tasas de ingestión. El control protozoario ascendente fue más importante en la estación seca y el control descendente en la estación lluviosa; por lo tanto, estas dos fuerzas son igualmente importantes para la regulación de la abundancia bacteriana en este embalse anualmente.