El estrés por sequía afecta significativamente el crecimiento, desarrollo y rendimiento del algodón, desencadenando la respuesta de múltiples genes. Entre ellos, la ascorbato peroxidasa (APX) es una de las enzimas antioxidantes importantes en el metabolismo de especies reactivas de oxígeno en las plantas, y APX mejora la capacidad de las plantas para resistir la oxidación, aumentando así la tolerancia al estrés. Por lo tanto, mejorar la actividad de APX en las células es crucial para mejorar la resistencia al estrés de las plantas. Estudios previos han aislado proteínas expresadas diferencialmente bajo estrés por sequía en plantas resistentes a la sequía (KK1543) y sensibles a la sequía (XLZ26). Así, este estudio analizó los patrones de expresión en diferentes tejidos de algodón para verificar la función de resistencia a la sequía y explorar sus vías regulatorias. Tuvo la mayor expresión en las hojas de algodón, que aumentó significativamente bajo estrés por sequía, sugiriendo que es esencial para mejorar la capacidad antioxidante y las actividades enzimáticas en el algodón. El silenciamiento afecta indirectamente el amarillamiento y marchitamiento pronunciados de las hojas en plantas resistentes y sensibles a la sequía bajo estrés por sequía. El contenido de malondialdehído (MDA) aumentó significativamente y el contenido de clorofila y prolina y la actividad enzimática de APX generalmente disminuyeron en plantas silenciadas en comparación con el control. Este resultado indica que puede mejorar la resistencia a la sequía al influir en los contenidos de MDA, clorofila, prolina y la actividad enzimática de APX a través de niveles de expresión aumentados. El análisis del transcriptoma reveló que los genes expresados diferencialmente relacionados con la sequía entre los grupos de control y tratados enriquecieron la transducción de señales de hormonas vegetales, la señalización MAPK y las vías de interacción planta-patógeno. Por lo tanto, la disminución de la expresión afecta significativamente los niveles de expresión de genes en estas tres vías, reduciendo la resistencia a la sequía en las plantas. Este estudio proporciona información sobre los mecanismos moleculares de y su papel en la resistencia a la sequía y sienta las bases para futuras investigaciones sobre los mecanismos moleculares de respuesta al estrés por sequía en el algodón.