La fitorremediación es un método efectivo y ecológico utilizado para controlar la salinización secundaria del suelo en invernaderos. Sin embargo, las interacciones planta-suelo para la fitorremediación no han sido estudiadas suficientemente. En este estudio, se compararon tres especies de cultivos ((CM), (SP) y (RY)) en un experimento de invernadero. Los resultados mostraron que los tres cultivos aumentaron la biomasa microbiana del suelo, la abundancia de microorganismos beneficiosos, fósforo disponible y pH del suelo, y redujeron el contenido de sal en el suelo. La acumulación de nutrientes de los cultivos se correlacionó positivamente con la abundancia relativa de secuencias de ARNr 16S bacterianas en el suelo. CM y RY aumentaron respectivamente las abundancias relativas de y dentro de la comunidad bacteriana del suelo, mientras que SP aumentó las abundancias relativas de dentro de la comunidad fúngica. El análisis de correlación reveló que el pH y las sales totales disueltas fueron los factores vitales que afectaron a las comunidades microbianas del suelo en el suelo salinizado secundario. Nuestros resultados sugieren que la fitorremediación podría aliviar efectivamente la salinización secundaria al regular el equilibrio de la composición de la comunidad microbiana del suelo y promover la acumulación de nutrientes de los cultivos.