Para adaptarse al cambio climático, actualmente se están explorando varias estrategias agrícolas, incluyendo un cambio en las áreas de uso de la tierra. Es necesario considerar las diferencias regionales en la composición del microbioma y los fitopatógenos asociados. Sin embargo, la mayoría de los estudios empíricos sobre las diferencias en el microbioma de los cultivos se han centrado en las comunidades del suelo, prestando insuficiente atención a la filósfera. En este estudio, nos centramos en las espigas de trigo en tres regiones del noreste de Alemania (Magdeburger Börde (MBB), Müncheberger Sander (MSA), Uckermärkisches Hügelland (UKH)) con diferentes potenciales de rendimiento, suelos y condiciones climáticas. Para obtener información sobre la comunidad fúngica en diferentes sitios, utilizamos un enfoque de metabarcoding (ITS-NGS). Además, examinamos la diversidad y abundancia utilizando técnicas dependientes e independientes de cultivo. Para cada región, se determinó la prevalencia de diferentes órdenes ricos en hongos fitopatógenos: Sporidiobolales en MBB, Capnodiales y Pleosporales en MSA, y Hypocreales en UKH fueron identificados como biomarcadores taxonómicos. Además, se encontró predominantemente en UKH, mientras que fue más abundante en las otras dos regiones. Los filtros ambientales parecen ser impulsores fuertes de estas diferencias, pero también discutimos los posibles efectos de la dispersión y los filtros de interacción. Nuestros resultados pueden guiar la selección de regiones de cultivo en el futuro en relación con su potencial de infección fitopatógena.