Las plantas de rábano exhiben colores de raíz variados debido a la acumulación de compuestos de clorofilas y antocianinas que son beneficiosos tanto para la salud humana como para la calidad visual. Los mecanismos de biosíntesis de clorofila han sido estudiados extensamente en tejidos foliares, pero siguen siendo en gran medida desconocidos en otros tejidos. En este estudio, examinamos el papel de las NADPH:protochlorophyllide oxidoreductasas (PORs), que son enzimas clave en la biosíntesis de clorofila, en las raíces de rábano. El nivel de transcripción fue abundantemente expresado en raíces verdes y se correlacionó positivamente con el contenido de clorofila en las raíces de rábano. Las secuencias de la región codificante eran idénticas entre líneas de cría de rábano blanco (948) y verde (847). Además, el ensayo de silenciamiento génico inducido por virus mostró que presentaron contenidos de clorofila reducidos, verificando que es una enzima funcional para la biosíntesis de clorofila. La comparación de secuencias de promotores de rábanos blancos y verdes mostró varias inserciones y deleciones (InDels) y polimorfismos de un solo nucleótido. Los ensayos de activación de promotores utilizando protoplastos de raíz de rábano verificaron que los InDels del promotor contribuyen a su nivel de expresión. Estos resultados sugieren que es uno de los genes clave subyacentes a la biosíntesis de clorofila y la coloración verde en tejidos no foliares, como las raíces.