Las investigaciones realizadas en los últimos años han mostrado la importancia central de la microbiota genital femenina en el embarazo, tanto en la salud como en la enfermedad. Se han logrado grandes avances en la comprensión de la diversa microflora en la vagina y el útero, y se han encontrado diferencias significativas entre las densidades microbianas en ambos lugares, siendo las poblaciones intrauterinas generalmente de baja masa. Los métodos de detección de ADN de muy alta sensibilidad empleados para identificar microbios tienen el inconveniente de que en estudios de sitios de baja densidad microbiana se vuelve difícil diferenciar entre el ADN de contaminantes y el de microorganismos residentes. Este problema se presenta de manera aguda en los análisis del microbioma intraamniótico, hasta el punto de que muchos investigadores han concluido que no existe tal microbioma en embarazos saludables. En contraste, están los hallazgos de múltiples estudios que afirman la caracterización del microbioma intraamniótico en varias poblaciones femeninas. Así, se hizo necesario evaluar la evidencia a favor y en contra de la existencia de este microbioma en embarazos saludables. Este trabajo presenta los resultados de dicha investigación y algunas recomendaciones para minimizar la interferencia causada por el ADN de contaminantes.