El visón americano es una especie semiacuática de mustélido nativa de América del Norte que ahora se ha extendido por China. Sin embargo, el conocimiento sobre la diversidad genética del visón en China sigue siendo limitado. En este estudio, investigamos la diversidad genética e identificamos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) significativos en poblaciones de visones de cinco tipos de color diferentes en tres granjas de visones en China. Utilizando secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción de doble digestión, identificamos un total de 1.3 millones de SNPs. Después de filtrar los SNPs, se realizaron análisis de árbol filogenético, Fst, componentes principales y estructura poblacional. Los resultados demostraron que el visón rojo y el visón negro se agruparon, con un agrupamiento separado de todos los otros tipos de color. El estudio del índice de divergencia poblacional (Fst) confirmó que las diferentes poblaciones de visones eran distintas (K = 4). Dos poblaciones con diferentes colores de pelaje fueron sometidas al análisis de firma de selección, y se encontraron 2300 genes con una clara firma de selección. Los genes con una firma de selección fueron sometidos a categorización de Ontología de Genes (GO) y análisis de enriquecimiento de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG), los resultados revelaron que los genes con una firma de selección estaban enriquecidos en la vía de melanogénesis. Los hallazgos de este estudio han preparado el terreno para mejorar la cría y conservación de recursos genéticos en la cría de visones en la práctica real.