Predecir cómo las actividades antropogénicas pueden influir en los diversos componentes de la biodiversidad es esencial para encontrar maneras de reducir la pérdida de diversidad. Este desafío implica: a) comprender cómo los factores ambientales influyen en la diversidad a diferentes escalas espaciales, y b) desarrollar métodos para medir estas relaciones de forma rápida, económica y fácil de comunicar. En este estudio, investigamos si las variables paisajísticas y bioclimáticas podrían explicar la variación en los índices de biodiversidad en las comunidades de macroinvertebrados de 39 arroyos del Bosque Atlántico. Además de las medidas tradicionales de diversidad, es decir, la riqueza y abundancia de especies y el índice de Shannon, utilizamos un índice de distinción taxonómica que mide el grado de relación filogenética entre taxones. La cantidad de variación en las medidas de diversidad explicada por las variables ambientales y espaciales se estimó mediante la partición de la variación basada en regresión múltiple. Nuestro estudio demuestra que la distinción taxonómica no responde de la misma manera que los métodos tradicionales utilizados en los estudios de biodiversidad. No encontramos evidencia de que la distinción taxonómica responda de forma predecible a la variación en las métricas del paisaje, lo que indica la necesidad de incorporar predictores a múltiples escalas en este tipo de estudio. La falta de congruencia entre la distinción taxonómica y otros índices, así como su baja predictibilidad, podrían estar relacionadas con el hecho de que esta medida expresa la adaptación evolutiva a largo plazo a las condiciones del ecosistema, mientras que otras métricas tradicionales de biodiversidad responden a cambios ambientales a corto plazo.