Los genes de ARN de transferencia mitocondrial (tRNAs) atraen más atención debido a su naturaleza altamente dinámica y en rápida evolución. El estudio actual tuvo como objetivo detectar y evaluar la dinámica, los patrones característicos y las variaciones de los tRNAs mitocondriales. El estudio se llevó a cabo en dos partes principales: primero, se filtraron las secuencias mitogenómicas publicadas de los tRNAs mt de los cíclidos. En segundo lugar, se compararon y analizaron los tRNAs mitocondriales filtrados y nuevos mitogenomas adicionales que representan a los tilapinos egipcios más prevalentes. Nuestros resultados revelaron que los 22 tRNAs de los cíclidos se pliegan en una estructura secundaria clásica de trébol con cuatro dominios, excepto por el trnS, que carece del dominio D en todos los cíclidos. Al comparar los tRNAs de consenso, se observaron la mayoría de las mutaciones en el trnP a niveles de nucleótidos (sustituciones e indels), en contraste con el trnL. Desde una perspectiva estructural, el bucle del anticodón y las formaciones del bucle T fueron las estructuras más conservadas entre todas las partes del tRNA en contraste con las formaciones del tallo A y el bucle D. El trnW fue el tRNA unneutral menos polimórfico entre todos los cíclidos (tanto de la familia como de la línea haplotilapiina), en contraste con el trnD neutral que fue extremadamente polimórfico entre y dentro de las especies de la línea haplotilapiina en comparación con otras especies de cíclidos. Desde una perspectiva filogenética, el trnC fue un tRNA extremadamente hipervariable y neutral tanto en la línea haplotilapiina como en los cíclidos, pero no pudo reportar una señal filogenética correcta para los cíclidos. En contraste con el trnI y el trnY, tRNAs neutrales menos variables que pudieron agrupar la línea haplotilapiina y las especies de cíclidos como se informó anteriormente. Al observar el polimorfismo del ADN en las secuencias de ADN codificantes (CDS), el aminoácido más afectado por mutaciones no sinónimas fue la isoleucina y se mutó igualmente a valina y viceversa; no se encontró correlación estadística entre las mutaciones en CDS y tRNAs. El estudio actual proporciona una visión sobre la evolución del tRNA mitocondrial y su efecto en la diversidad de cíclidos y el modelo de especiación a nivel materno.