Las bacterias intestinales, sincronizadas con la dieta y el tiempo de alimentación, exhiben ritmos circadianos y anticipan la función intestinal del huésped; sin embargo, el efecto de los probióticos dietéticos sobre los ritmos diurnos de las bacterias intestinales sigue siendo oscuro. En este estudio, se secuenciaron bacterias en 6 momentos de Zeitgeber (ZT) a partir de un modelo porcino de fístula ileal en T para probar la composición bacteriana ileal y los ritmos circadianos tras la administración. Los resultados mostraron que la dieta mejoró la alfa-diversidad bacteriana ileal en el tiempo de Zeitgeber (ZT) 16, evidenciado por un aumento en el índice de Simpson en comparación con los cerdos de control. A nivel de filo, Firmicutes fue identificado como el filo más grande representado en los cerdos, pero la dieta solo aumentó la abundancia de Tenericutes en ZT16. A nivel de género, 11 de 100 géneros (es decir, , , , , , , , , , , y ) se diferenciaron notablemente en los cerdos alimentados con -y el efecto dependía de la ritmicidad. Mientras tanto, la dieta afectó seis vías de funciones bacterianas, como el transporte de membrana, el metabolismo de cofactores y vitaminas, la motilidad celular, el sistema endocrino, las moléculas de señalización e interacción, y el sistema nervioso. Se realizó un análisis cosinor para probar el ritmo circadiano bacteriano en los cerdos, aunque no se observó un ritmo circadiano significativo en la alfa-diversidad bacteriana y la composición de filos. , , y exhibieron una fluctuación rítmica significativa en los cerdos de control, que fue perturbada por la exposición a probióticos. Además, la dieta afectó los ritmos circadianos en las abundancias ileales de , , , y . La dieta afectó tanto la composición bacteriana ileal como los ritmos circadianos, lo que podría regular aún más la función intestinal y el metabolismo del huésped en los cerdos.