La cría de cerdos a gran escala está asociada con la producción de grandes cantidades de excremento animal, que, tras ser procesados en forma de, por ejemplo, purín, se gestionan en tierras agrícolas como fertilizantes naturales. La utilización de estiércol de cerdo en tierras agrícolas de manera excesiva y descontrolada puede representar una amenaza para las zoonosis debido a las cantidades significativas de microorganismos potencialmente patógenos en su contenido. Este estudio tiene como objetivo determinar el impacto del proceso de fermentación metánica llevado a cabo en dos plantas de biogás agrícola sobre la eficiencia de sanitización del purín de cerdo, la biomasa de entrada y el digestato. Las plantas de biogás diferían en términos del sustrato utilizado; una utilizaba purín de cerdo de una granja maternal (de cría) (BP-M), y la otra utilizaba purín de cerdo de una granja de engorde (BP-F). Los análisis fisicoquímicos mostraron que el purín, la biomasa de entrada y el digestato del BP-F se caracterizaban por un contenido significativamente mayor de materia seca orgánica, cenizas y nitrógeno amoniacal que el purín, la biomasa de entrada y el digestato del BP-M. Los parámetros del proceso de fermentación metánica, incluyendo la temperatura y el pH, alcanzaron valores más altos en el BP-F en comparación con el BP-M. Los análisis microbiológicos llevaron a la conclusión de que la eficiencia de sanitización de la biomasa de entrada, incluyendo el purín de cerdo, fue significativamente mayor en el BP-F en comparación con el BP-M. Debido a los hallazgos anteriores, se debería recomendar la ubicación de plantas de biogás cerca de granjas de engorde de cerdos.