Los microbios del suelo desempeñan roles críticos en el ciclo de nutrientes, la producción primaria neta, la seguridad alimentaria y el cambio climático en los ecosistemas terrestres, sin embargo, sus respuestas al cultivo de cobertura en los ecosistemas agroforestales siguen siendo desconocidas. Aquí, realizamos un experimento de campo para evaluar cómo los cambios en el cultivo de cobertura con franjas sembradas de pasto afectan los rendimientos y la calidad de la fruta, la composición de la comunidad y la diversidad de taxones microbianos del suelo en un huerto de mangos. Los resultados mostraron que el cultivo de cobertura de dos años aumentó los rendimientos de frutas de mango y los contenidos de sólidos solubles. El cultivo de cobertura mejoró la diversidad fúngica del suelo en lugar de la diversidad bacteriana del suelo. Aunque el cultivo de cobertura no tuvo efectos significativos en la diversidad bacteriana del suelo, influenció significativamente las composiciones de la comunidad bacteriana del suelo. Estas variaciones en las estructuras de las comunidades fúngicas y bacterianas del suelo fueron en gran medida impulsadas por el nitrógeno del suelo, que afectó positiva o negativamente la abundancia relativa de ambos taxones bacterianos y fúngicos. El cultivo de cobertura también alteró gremios fúngicos, lo que aumentó la proporción de hongos patotróficos y disminuyó los hongos saprotróficos. El aumento en la diversidad fúngica y las alteraciones en los gremios fúngicos podrían ser los principales factores a considerar para aumentar los rendimientos y la calidad de la fruta de mango. Nuestros resultados indican que el cultivo de cobertura afecta los rendimientos y la calidad de la fruta de mango mediante alteraciones en la diversidad fúngica del suelo, lo que colma una brecha crítica en nuestra comprensión de las conexiones entre la biodiversidad del suelo y la calidad de la fruta en respuesta al cultivo de cobertura en los ecosistemas de huertos.