La complejidad ambiental se considera un factor clave para el aumento de la diversidad en los ecosistemas acuáticos. Las masas de macrófitos contribuyen significativamente a esta complejidad debido a sus arquitecturas diferenciales. Sin embargo, la influencia de las distintas arquitecturas de hábitat acuático (con o sin diferentes tipos de macrófitos) en la composición de taxones de microcrustáceos, generalmente presentes en cuerpos de agua colonizados por macrófitos, ha sido poco explorada en estudios limnológicos. El objetivo principal de este estudio fue analizar esta influencia comparando la composición de Cladocera en cuatro arquitecturas de hábitat: (1) macrófitos fluctuantes, (2) macrófitos emergentes con raíces, (3) macrófitos sumergidos y (4) la zona limnética de lagunas de meandro asociadas a un gran embalse subtropical. Se observó una amplia variación en la composición. Los macrófitos fluctuantes exhibieron el ensamble de Cladocera más rico, dominado por Chydoridae. Los macrófitos sumergidos y emergentes con raíces presentaron los ensambles más similares. La fauna más distintiva se encontró en la zona limnética, dominada por bosmínidos. Las probables diferencias en la disponibilidad de recursos en cada arquitectura del hábitat muestreado se consideran el factor determinante de la variación en la composición de cladóceros. Concluimos que, para un inventario completo de la fauna local, es fundamental considerar la arquitectura del hábitat acuático, incluyendo las poblaciones de macrófitos, en el diseño del muestreo de datos.