En el estudio piloto actual, proponemos el uso de metabolómica cuantitativa para reconstruir la filogenia de los vertebrados, en particular de las aves. Determinamos las concentraciones de los 67 metabolitos más abundantes en los cristales de ojo de las siguientes 14 especies de 6 órdenes de la clase Aves: el milano negro, la urraca euroasiática, el cuervo norteño, el focha euroasiática, el escribano de Godlewski, el somormujo lavanco, el carbonero común, el picogordo, el cuervo encapuchado, el gorrión común, la paloma bravía, el grajo, el búho de orejas cortas y el búho de Ural. Un análisis adicional muestra que los enfoques estadísticos generalmente utilizados en metabolómica pueden aplicarse para la diferenciación entre especies, y los resultados más fructíferos se obtuvieron con el análisis de agrupamiento jerárquico (HCA). Observamos la agrupación de muestras conspecíficas independientemente del lugar y la fecha de muestreo. La estructura del árbol HCA apoya el papel clave de la genómica en la formación del metaboloma del cristalino, pero también indica la influencia del estilo de vida de las especies. Una combinación de filogenia basada en genómica y metabolómica podría resolver problemas emergentes y generar un árbol de la vida más confiable.