La actividad física regular se considera una de las herramientas más válidas capaces de reducir el riesgo de aparición de muchas enfermedades en los humanos. Sin embargo, se sabe que la actividad física intensa puede inducir altos niveles de daño genómico, mientras que el ejercicio moderado puede provocar una respuesta adaptativa favorable por parte del organismo. Evaluamos, mediante el ensayo de micronúcleos bucales, las frecuencias de micronúcleos, brotes nucleares y células binucleadas en una muestra de atletas aficionados que practican diferentes disciplinas, comparando los datos obtenidos con los de sujetos que practicaban deportes solo ocasionalmente y sujetos que no practicaban deporte en absoluto. El objetivo era evaluar si la actividad física afecta los niveles de daño genómico de fondo y si las diferentes disciplinas deportivas, así como algunos polimorfismos genéticos, afectan de manera diferencial estos niveles. Se reclutaron un total de 206 sujetos, 125 atletas y 81 controles. Los atletas mostraron valores significativamente más bajos de micronúcleos, brotes nucleares y células binucleadas con respecto a los controles. Los velocistas y artistas marciales mostraron frecuencias significativamente más altas de micronúcleos que otras categorías de atletas. Finalmente, ni el sexo ni los polimorfismos genéticos parecieron influir en los niveles de daño genómico, confirmando que el daño genómico observado se debe probablemente a la naturaleza de la actividad deportiva.