KEGGSum: Resumiendo Vías Genómicas
Autores: David, Chaim; Kondylakis, Haridimos
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
KEGGSum: Resumiendo Vías Genómicas
Categoría
Gestión y administración
Subcategoría
Gestión de la tecnología y la inovación
Palabras clave
Kegg
Vías
Nodos
Medidas de centralidad
Gráfico resumen
Procedimientos biológicos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 1
Citaciones: Sin citaciones
Con el tiempo, la renombrada Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) ha crecido hasta convertirse en una de las bases de datos en línea más completas para procedimientos biológicos. La mayoría de los datos se almacenan en forma de rutas, que son gráficos que representan las relaciones entre los diversos elementos que participan en procedimientos biológicos, como genes y compuestos químicos. Sin embargo, el tamaño, la complejidad y la diversidad de estos gráficos los hacen difíciles de explorar y entender, así como también dificultan la extracción de una conclusión clara sobre sus componentes más importantes. En este sentido, presentamos KEGGSum, un sistema que permite la resumición eficiente y efectiva de las rutas de KEGG. KEGGSum recibe un identificador de KEGG (Kid) como entrada, se conecta a la base de datos de KEGG, descarga una forma especializada de la ruta y determina los nodos más importantes en el gráfico. Para identificar los nodos más importantes en los gráficos de KEGG, exploramos múltiples medidas de centralidad que se han propuesto para gráficos genéricos, mostrando su aplicabilidad a los gráficos de KEGG también. Luego, vinculamos los nodos seleccionados para producir un gráfico resumen a partir del gráfico inicial de KEGG. Finalmente, nuestro sistema visualiza el resumen generado, permitiendo entender las partes más importantes del gráfico inicial. Evaluamos experimentalmente nuestro sistema y mostramos sus ventajas y beneficios.
Descripción
Con el tiempo, la renombrada Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) ha crecido hasta convertirse en una de las bases de datos en línea más completas para procedimientos biológicos. La mayoría de los datos se almacenan en forma de rutas, que son gráficos que representan las relaciones entre los diversos elementos que participan en procedimientos biológicos, como genes y compuestos químicos. Sin embargo, el tamaño, la complejidad y la diversidad de estos gráficos los hacen difíciles de explorar y entender, así como también dificultan la extracción de una conclusión clara sobre sus componentes más importantes. En este sentido, presentamos KEGGSum, un sistema que permite la resumición eficiente y efectiva de las rutas de KEGG. KEGGSum recibe un identificador de KEGG (Kid) como entrada, se conecta a la base de datos de KEGG, descarga una forma especializada de la ruta y determina los nodos más importantes en el gráfico. Para identificar los nodos más importantes en los gráficos de KEGG, exploramos múltiples medidas de centralidad que se han propuesto para gráficos genéricos, mostrando su aplicabilidad a los gráficos de KEGG también. Luego, vinculamos los nodos seleccionados para producir un gráfico resumen a partir del gráfico inicial de KEGG. Finalmente, nuestro sistema visualiza el resumen generado, permitiendo entender las partes más importantes del gráfico inicial. Evaluamos experimentalmente nuestro sistema y mostramos sus ventajas y beneficios.