La coccidiosis y la enteritis necrótica (NE) son enfermedades avícolas prevalentes en todo el mundo, lo que lleva a una disminución del rendimiento en vivo y a tasas de mortalidad elevadas sin el uso de antibióticos. Este estudio evaluó las semillas de comino negro (BCS) y el kéfir como alternativas a los antibióticos para los pollos de engorde. Se realizó un estudio in vivo durante un período de 28 días, utilizando 384 pollos de engorde Cobb 500 machos organizados en seis grupos de tratamiento como parte de un diseño experimental de bloques completamente aleatorizados. Cada grupo de tratamiento incluyó ocho réplicas, con cada réplica conteniendo ocho aves. Los tratamientos incluyeron control positivo, control negativo, control antibiótico, 5% de BCS en el alimento, 20% de kéfir en el agua de bebida y una combinación de 5% de BCS y 20% de kéfir. La NE fue inducida en los pollos de engorde administrando ~5000 ooquistes por vía oral en el día 14, seguido de la inoculación con aproximadamente 10 UFC/mL de (Cp) (cepa Cp#4) en los días 19, 20 y 21. Se evaluaron métricas de rendimiento en vivo, incluyendo la ingesta de alimento, el aumento de peso corporal y la conversión alimenticia en los pollos de engorde. Además, se determinaron los resultados de la enfermedad NE, como las puntuaciones de lesiones, las tasas de mortalidad y las poblaciones de Cp en el ciego durante el estudio. Los grupos tratados con BCS, kéfir y la combinación no tuvieron un efecto perjudicial en el rendimiento en vivo de los pollos de engorde. Los grupos tratados con BCS y la combinación tuvieron puntuaciones de NE más bajas (> 0.05) en comparación con el control positivo y no mostraron diferencias significativas (> 0.05) con respecto al control antibiótico. Además, los grupos de tratamiento y el control antibiótico no fueron significativamente diferentes (> 0.05) en mortalidad, mientras que la combinación de BCS y kéfir redujo significativamente (< 0.05) la mortalidad al 14.1% en comparación con el 31.3% del control positivo. Las células vegetativas disminuyeron significativamente (< 0.05) en los tratamientos con BCS, kéfir y su combinación en los días 22 y 28 en comparación con el control positivo. En el día 22, las lesiones de Cp fueron significativamente más bajas (< 0.05) para los tratamientos de kéfir y combinación en comparación con el control positivo. En conclusión, BCS y kéfir redujeron con éxito la infección y la mortalidad sin ningún impacto perjudicial en el rendimiento en vivo de los pollos de engorde, siendo el tratamiento combinado el más efectivo. Estos resultados sugieren que BCS y kéfir podrían servir como alternativas potenciales a los antibióticos en el manejo de la NE.