La contaminación por ADN citosólico (de plastidios y mitocondrias) y bacterias epifíticas está desafiando la eficiencia y precisión del análisis genómico a gran escala de las algas marinas que producen nori. A diferencia del ADN bacteriano y del ADN de orgánulos, el ADN nuclear está estrechamente asociado con proteínas histonas. En este estudio, aplicamos la Inmunoprecipitación de Cromatina (ChIP) de la histona H3 para aislar el ADN nuclear, seguido de secuenciación de alto rendimiento. Más del 99.41% de los datos de ChIP-secuenciación se alinearon con éxito al genoma nuclear de referencia; esto fue notablemente más alto que los datos de extracción directa, en los cuales entre el 40.96% y el 42.95% provienen de plastidios. La proporción de datos que se mapearon a la base de datos bacteriana al usar la extracción ChIP fue muy baja. Además, los datos de ChIP pueden cubrir hasta el 89.00% del genoma nuclear, más que los datos de extracción directa de igual tamaño de datos y comparable a estos últimos a igual profundidad de secuenciación. Las regiones no cubiertas de los tres métodos son en su mayoría superpuestas, lo que sugiere que la secuenciación incompleta es la responsable de los datos faltantes, en lugar de un fallo en la unión de la cromatina con el anticuerpo en el método de extracción ChIP. Este método de extracción ChIP puede separar con éxito el ADN nuclear del ADN citosólico y del ADN bacteriano, reduciendo así abrumadoramente el costo de secuenciación en un proyecto de resecuenciación del genoma y proporcionando datos de referencia estrictamente purificados para el ensamblaje del genoma. La aplicabilidad del método a otras macroalgas lo convierte en una valiosa contribución a la comunidad de investigación algal.