El aislamiento geográfico puede moldear la variación y estructura genética, llevando a la divergencia entre poblaciones insulares y continentales. El lagarto de jardín oriental (Daudin, 1802) es un reptil agamido ampliamente distribuido en Asia, que se encuentra en diversos hábitats desde el sudeste asiático continental hasta islas offshore. Examinamos la variación de secuencia del subunidad I de la citocromo c oxidasa mitocondrial en 143 individuos de 23 localidades a través del mar de Andamán y el golfo de Tailandia para evaluar la diversidad y estructura genética entre poblaciones insulares y continentales. Se identificaron cuarenta y seis haplotipos (Cve1-Cve46), con una diversidad de haplotipos (Hd) que varió de 0.500 a 1.000 y una diversidad de nucleótidos que varió de 0.0057 a 0.0265. El AMOVA reveló una diferenciación baja a moderada entre los grupos insulares y continentales en el mar de Andamán ( = 0.075, > 0.05) y una diferenciación negligible en el golfo de Tailandia ( = 0.009, > 0.05). Las redes de haplotipos y el PCoA mostraron un agrupamiento de la mayoría de las poblaciones insulares y continentales dentro de las regiones, con alguna divergencia localizada. El análisis del tiempo de divergencia indicó que las líneas se separaron dentro de los últimos 0.5 millones de años (Ma), coincidiendo con las oscilaciones climáticas del Pleistoceno tardío y los cambios en el nivel del mar. Los análisis de delimitación de especies apoyaron tres linajes principales, incluyendo un clado geográficamente restringido confinado a la provincia de Trat y la isla de Phuket. Estos resultados sugieren que las poblaciones están estructuradas más por la geografía regional que por una estricta separación entre islas y continentes, reflejando la conectividad histórica y el flujo genético contemporáneo. Los hallazgos contribuyen a la comprensión de la biogeografía de los reptiles en el sudeste asiático y destacan poblaciones de valor para la conservación.