Aunque la intensificación agrícola generalmente tiene efectos homogeneizadores en los paisajes que reducen la diversidad de cultivos, los efectos específicos de diferentes estrategias de entrada en la diversidad de cultivos no están claros. Este estudio examina los efectos de los insumos de riego en la diversidad de especies de cultivos en México. Evaluamos la diversidad de riqueza y uniformidad de 297 especies de cultivos en 2455 municipios, controlando factores ambientales y socioeconómicos y características estructurales y funcionales de las explotaciones agrícolas. Utilizando un enfoque de regresión cuantílica, evaluamos las relaciones en los cuantiles condicionales de regiones agrícolas de baja, media y alta diversidad. Los resultados muestran que el nivel de riego (% de tierras de cultivo regadas) es un fuerte predictor positivo de la riqueza de especies de cultivos y la diversidad de uniformidad en todos los cuantiles regionales. Además, los efectos cuantiles del riego en la diversidad de uniformidad son cinco veces mayores en regiones de baja diversidad en comparación con las regiones de alta diversidad. Con implicaciones para la política agrícola del agua en México, este estudio ilustra los posibles beneficios de la expansión sostenible del riego en regiones agrícolas ricas en agua pero pobres en riego. Específicamente, al mejorar la diversidad de especies de cultivos, la expansión cuidadosamente dirigida del riego puede apoyar la transición hacia la intensificación sostenible.