Se realizó un experimento de campo en girasoles en una zona salina-alcalina de moderada a leve en la región de riego de la Llanura de Tumochuan en China. El diseño experimental incluyó el uso de riego por goteo superficial como control (CK) y cuatro tratamientos de riego por goteo subsuperficial a profundidades de entierro de 10 cm (D10), 15 cm (D15), 20 cm (D20) y 25 cm (D25) para analizar el efecto de la profundidad de entierro de la cinta de riego por goteo en las propiedades fisicoquímicas del suelo y la desalinización del suelo en la zona de raíces principales de los campos de girasoles salino-alcalinos. Basándose en la tecnología de secuenciación macrogenómica, se reveló la diversidad, composición y estructura de las comunidades fúngicas del suelo en la zona de raíces principales en respuesta a la profundidad del riego por goteo. Los resultados muestran que los tratamientos de riego por goteo subsuperficial mejoraron la desalinización del suelo con tasas que van del 15.33% al 26.96%. El tratamiento D25 logró una tasa de desalinización un 82.01% más alta que CK y superó a D10, D15 y D20 en un 43.35%, 13.43% y 24.89%, respectivamente, demostrando la desalinización más efectiva con una profundidad de entierro de 25 cm bajo las mismas condiciones de manejo de agua y fertilizantes. Además, el riego por goteo subsuperficial mejoró la diversidad y abundancia de las comunidades fúngicas del suelo; los índices de Shannon para D15 y D20 fueron un 8.1% y un 12.3% más altos que el de CK, respectivamente, mientras que los índices de Chao1 aumentaron en un 21.2% y un 17.4%, respectivamente. Durante la etapa de brotación, la comunidad fúngica en la zona de raíces principales (20-40 cm) estuvo dominada por Ascomycetes y Tephritobacterium, siendo Alternaria el género predominante. Notablemente, la abundancia relativa de Ascomycetes fue un 118.8% más alta en D25 que en CK. El modelado de ecuaciones estructurales cuantificó las relaciones entre las propiedades fisicoquímicas del suelo, con un SMC de 0.94, lo que indica un ajuste del modelo dentro de un rango aceptable. Un análisis de SEM reveló que el contenido de agua en el suelo (SWC), la CE del suelo y el NO-N del suelo ejercieron el efecto combinado más significativo en la composición y diversidad fúngica del suelo. Este estudio examinó los efectos de la profundidad de entierro de la cinta de riego por goteo en las características fisicoquímicas del suelo, la estructura de la comunidad fúngica y la diversidad en la zona de raíces principales (20-40 cm) de los campos de girasoles salino-alcalinos bajo riego por goteo subsuperficial. Este estudio tiene como objetivo proporcionar apoyo teórico para prácticas agrícolas de ahorro de agua en suelos salino-alcalinos. Desarrollamos un método de riego por goteo subsuperficial para girasoles en tierras ligeramente a moderadamente salino-alcalinas en el área de riego de la Llanura de Tumochuan en China, y la profundidad adecuada de entierro de la cinta de riego por goteo fue de 25 cm.