Debido a la lluvia, al cierre del deshierbe de los campos de arroz y a otras razones, a menudo ocurre estrés por sumersión durante las etapas de germinación y emergencia del arroz sembrado directamente (L.), lo que conduce a una intensificación de la respiración anaeróbica, un consumo acelerado de nutrientes almacenados, dificultad en la germinación de las semillas de arroz, emergencia desigual de plántulas y rendimientos variables. Los avances recientes en la comprensión de la interacción de las fitohormonas y la regulación de las vías de señalización en los cultivos han aumentado la viabilidad de modular las respuestas a las fitohormonas en las plantas cultivadas para mejorar la adaptación a los cambios ambientales. En esta revisión, resumimos los avances recientes y el progreso en la comprensión de la regulación de las vías de señalización de fitohormonas y sus interacciones con diversas señales internas y externas bajo sumersión. También discutimos cómo estas modulaciones fisiológicas de las fitohormonas y su abundante interacción de señalización pueden aplicarse para mejorar la tolerancia a la sumersión del arroz sembrado directamente durante la germinación mediante la manipulación de la morfogénesis de las plántulas y el ajuste fino de las respuestas al estrés. Finalmente, discutimos cómo las complejas vías de señalización de las fitohormonas podrían regular el metabolismo de los nutrientes almacenados, la respiración anaeróbica y el suministro de energía en las semillas de arroz sembradas directamente sumergidas, mejorando así su tolerancia a la sumersión. Esta revisión espera proporcionar una base para estudios sobre los mecanismos de tolerancia del arroz sembrado directamente sumergido y la promoción del modelo simplificado de cultivo de arroz sembrado directamente.