Este documento tiene como objetivo resolver el problema de toma de decisiones sobre la reconstrucción de la cadena de valor de las empresas portuarias chinas en el contexto de la política de Zona de Libre Comercio. Basándose en la teoría de la cadena de valor y el método de dinámica de sistemas, este documento construye un modelo de simulación que puede simular el proceso de cambio de valor agregado de las empresas portuarias bajo diferentes condiciones de entrada combinada. Además, se llevan a cabo estudios de caso de simulación. La investigación indica que la política de Zona de Libre Comercio tiene un efecto significativo de promoción en la reestructuración de las cadenas de valor de las empresas portuarias y en la transformación y modernización de las empresas. Además, considerando el impacto de la política de Zona de Libre Comercio y los recursos limitados, los beneficios generales para las empresas portuarias de las inversiones combinadas son superiores a los de las inversiones de un solo factor. Según la teoría de la cadena de valor, los segmentos comerciales de un puerto se descomponen en actividades de valor auxiliares, actividades de valor básicas y actividades de valor externas. Las inversiones en estos tres tipos de actividades de valor desempeñan roles, respectivamente, en la mejora de la eficiencia operativa de las empresas portuarias, la expansión del alcance comercial de las empresas portuarias y el fortalecimiento de la competitividad central de las empresas portuarias. Desde la perspectiva general del sistema, el Puerto de Shanghái puede obtener el máximo beneficio operativo cuando la tasa de entrada de factores endógenos es del 13%, la tasa de entrada de factores básicos es del 4% y la tasa de entrada de factores exógenos es del 13%. Los hallazgos de esta investigación proporcionan una referencia para la toma de decisiones de las empresas portuarias chinas para realizar la reconstrucción de valor, transformación y modernización en el contexto de la política de Zona de Libre Comercio.