La hierba marina es un productor primario significativo de los ecosistemas costeros; sin embargo, la degradación continua de los lechos de hierba marina es un problema serio que ha atraído la atención generalizada de los investigadores. Los microorganismos de la rizosfera afectan a la hierba marina y participan en muchas actividades vitales de esta. Este estudio exploró la relación entre la composición de microorganismos en la rizosfera y el entorno circundante utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento. Los grupos bacterianos dominantes en los sedimentos superficiales de la rizosfera y el entorno circundante son Proteobacteria, Bacteroidota y Firmicutes. Además, los grupos fúngicos dominantes son Ascomycota, Basidiomycota y Chytridiomycota. Se identificaron diferencias significativas (< 0.05) en las comunidades microbianas entre los diferentes grupos (rizosfera, sedimento masivo y agua de mar circundante). Se compartieron setenta y cuatro ASVs (para bacterias) y 48 ASVs (para hongos) entre la rizosfera de la hierba marina, el sedimento circundante y el agua de mar. La rizosfera estaba enriquecida en bacterias reductoras de sulfato y bacterias fijadoras de nitrógeno. En general, obtuvimos la comunidad microbiana de la rizosfera, que proporcionó evidencia extensa de la contribución relativa de la rizosfera de la hierba marina y el entorno circundante.