L. es un pariente poliploide salvaje del trébol rojo, que es importante para la agricultura, y posee rasgos prometedores para fines de cría. Hasta la fecha, sigue siendo la única especie de trébol con la que se ha hibridado con éxito el trébol rojo de importancia agrícola. Aunque se ha sugerido previamente un origen alopoliploide, en realidad se sabe poco sobre el cariotipo y su origen. Investigamos y relacionamos cariotipos utilizando métodos de cito-genómica comparativa, como la hibridación in situ fluorescente (FISH) y el análisis de clúster de RepeatExplorer. Los resultados indican una diversidad de cariotipos excepcional en cuanto a los números y posiciones mutuas de los loci de rDNA 5S y 26S y repeticiones centroméricas en poblaciones de ecotipos y variedades. La variabilidad observada entre ecotipos y variedades sugiere una inestabilidad actual del cariotipo que puede atribuirse a la continua batalla entre el ADN satélite junto con cambios genómicos y reorganizaciones potenciadas por eventos posteriores a la hibridación. Los análisis de cito-genómica comparativa de una variedad hexaploide y parientes diploides revelaron cariotipos estables con un posible caso de reorganización cromosómica. Además, los resultados proporcionaron evidencia de un origen autopoliploide.