El monitoreo de la biodiversidad es crucial para abordar la defaunación en el Antropoceno, particularmente en los ecosistemas tropicales. Sin embargo, las encuestas de campo a menudo están limitadas por la complejidad del hábitat, las restricciones logísticas, la financiación y la detectabilidad. Por lo tanto, es necesario aprovechar la tecnología de drones para el monitoreo de especies y superar las limitaciones de las encuestas convencionales. Investigamos métodos prospectivos para el monitoreo de la vida silvestre utilizando drones en cuatro ecosistemas. Realizamos un censo de poblaciones de aves acuáticas en Pulau Rambut, una comunidad de ungulados en Baluran y primates no humanos endémicos en Gunung Halimun-Salak, Indonesia, en 2021 utilizando un DJI Matrice 300 RTK y un DJI Mavic 2 Enterprise Dual con sensores térmicos adicionales. Luego, implementamos consecutivamente dos métodos de encuesta en tres sitios para comparar la eficacia de los drones frente a los métodos de encuesta tradicionales en tierra para cada especie. Los resultados muestran que las encuestas con drones ofrecen ventajas sobre las encuestas en tierra, incluyendo estimaciones de tamaño precisas, menos perturbación y una cobertura de área más amplia. Además, las firmas térmicas ayudaron a detectar especies que no eran fácilmente visibles en las imágenes radiométricas, mientras que las imágenes radiométricas detalladas permitieron la identificación de especies. Nuestra investigación también demuestra que los enfoques de aprendizaje automático muestran un rendimiento relativamente alto en la detección de especies. Nuestros enfoques resultan prometedores para encuestas de vida silvestre utilizando drones en diferentes ecosistemas en bosques tropicales.