Los sistemas de tratamiento de aguas residuales actualmente instalados en muchos países en desarrollo son insostenibles, fallando en alguna de las dimensiones social, económica o ecológica de la sostenibilidad. La investigación del nexo que examina los recursos involucrados en el tratamiento de aguas residuales podría apoyar la transición hacia sistemas más sostenibles. El pensamiento del nexo busca superar el pensamiento de sistemas biofísicos al incluir métodos de investigación transdisciplinarios. Los enfoques para integrar resultados de diferentes tipos de análisis y antecedentes disciplinares son escasos y no se han descrito extensamente en la investigación del nexo. La investigación transdisciplinaria sugiere crear conocimiento sobre sistemas, objetivos y transformaciones como un marco común para describir transformaciones significativas. Nuestro objetivo es mostrar cómo una mejor comprensión del nivel de conocimiento creado por diferentes tipos de análisis puede allanar el camino hacia la integración de resultados para la sostenibilidad. En este artículo, se aplicaron tres tipos de análisis, a saber, evaluación de sostenibilidad, análisis de perspectiva de partes interesadas y análisis de maldad, en dos sistemas piloto de tratamiento de aguas residuales en América Latina. A través de un proceso de tres pasos, se evaluó el conocimiento generado para cada tipo de análisis de manera individual, al mismo tiempo que se destacaron las sinergias entre ellos. Los resultados demuestran que estructurar los resultados por tipo de conocimiento generado puede ayudar a combinar los resultados de manera significativa. Los hallazgos muestran que existen fallas técnicas que son corregibles, y que los problemas relacionados con comportamientos o valores son más desafiantes de abordar, pero indudablemente más significativos para el cambio sistémico.