El cáncer colorrectal (CCR) es uno de los cánceres más diagnosticados en todo el mundo, con una alta incidencia y tasa de mortalidad cuando se diagnostica tarde. Actualmente, los métodos utilizados en la atención médica para diagnosticar el CCR son la prueba de sangre oculta en heces, la sigmoidoscopia flexible y la colonoscopia. Sin embargo, la falta de sensibilidad y especificidad y la baja adherencia de la población están impulsando la necesidad de implementar otras tecnologías que puedan identificar biomarcadores que no solo ayuden con la detección temprana del CCR, sino que también permitan la selección de opciones de tratamiento más personalizadas. En este sentido, la implementación de tecnologías ómicas, que pueden analizar grandes grupos de moléculas biológicas, junto con la validación molecular, se destaca como una herramienta prometedora para el descubrimiento de nuevos biomarcadores a partir de tejidos biopsiados o fluidos corporales. Esta revisión profundiza en el estado actual del arte en la identificación de nuevos biomarcadores del CCR que puedan distinguir el tejido canceroso, específicamente a partir de muestras fecales, ya que este podría ser el enfoque menos invasivo.