Investigación a nivel genómico de los genes SM/LSM del esporádico en trigo (L.) y sus progenitores
Autores: Gao, Ruiting; Su, Ning; Pan, Wenqiu; Bao, Qiaoyu; Li, Zhen; Nie, Xiaojun; Tong, Wei; Song, Weining
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Investigación a nivel genómico de los genes SM/LSM del esporádico en trigo (L.) y sus progenitores
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Genes de empalme
Trigo
SSM/SLSM
Empalme de ARN
Filogenético.
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
Los genes SSM/SLSM (spliceosomal Smith (SM)/SM-like (LSM)) son los componentes centrales del esplíceosoma en eucariotas, que desempeñan un papel importante en la regulación del empalme del ARN, participando en diversos procesos biológicos. Aunque se ha detectado en plantas como y arroz, los miembros y la importancia de la familia de genes SSM/SLSM en trigo aún no se han informado. En este estudio, identificamos los genes SSM/SLSM en trigo y sus progenitores a escala genómica, donde se identificaron 57 genes SSM/SLSM en trigo, junto con 41, 17 y 19 encontrados en , , y . Además, se analizaron sistemáticamente su relación filogenética, estructuras génicas, motivos conservados y elementos cis-reguladores. Mediante análisis de sintenia, se encontró una buena colinealidad de los genes SSM/SLSM entre el trigo panadero y los genomas de sus progenitores, y la distribución de los genes SMD2 en los cromosomas 5A, 4B y 4D del trigo ubicados en el modelo cromosómico 4AL-5AL-7BS, debido a la translocación. Luego, los genes seleccionados positivamente fueron investigados más a fondo basados en el análisis de la relación no sinónimo a sinónimo (dN/dS) de los pares ortólogos. Finalmente, los perfiles de expresión de los genes SSM/SLSM fueron detectados utilizando conjuntos de datos de ARN-seq, y se seleccionaron ocho genes candidatos sensibles al estrés para validar su expresión a través de qPCR (reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real). Según el análisis de la red de co-expresión, la correlación entre el gen LSM7-7A y genes relacionados fue ilustrada a través del análisis de enriquecimiento de Ontología Génica (GO). Además, el gen LSM7-7A estaba relacionado con el gen homólogo de tolerancia a la sal RCY1. Esta investigación identificó sistemáticamente a los candidatos completos de genes SSM/SLSM y sus características en trigo y sus progenitores, y proporcionó pistas para una mejor comprensión de su contribución durante el proceso de poliploidía del trigo.
Descripción
Los genes SSM/SLSM (spliceosomal Smith (SM)/SM-like (LSM)) son los componentes centrales del esplíceosoma en eucariotas, que desempeñan un papel importante en la regulación del empalme del ARN, participando en diversos procesos biológicos. Aunque se ha detectado en plantas como y arroz, los miembros y la importancia de la familia de genes SSM/SLSM en trigo aún no se han informado. En este estudio, identificamos los genes SSM/SLSM en trigo y sus progenitores a escala genómica, donde se identificaron 57 genes SSM/SLSM en trigo, junto con 41, 17 y 19 encontrados en , , y . Además, se analizaron sistemáticamente su relación filogenética, estructuras génicas, motivos conservados y elementos cis-reguladores. Mediante análisis de sintenia, se encontró una buena colinealidad de los genes SSM/SLSM entre el trigo panadero y los genomas de sus progenitores, y la distribución de los genes SMD2 en los cromosomas 5A, 4B y 4D del trigo ubicados en el modelo cromosómico 4AL-5AL-7BS, debido a la translocación. Luego, los genes seleccionados positivamente fueron investigados más a fondo basados en el análisis de la relación no sinónimo a sinónimo (dN/dS) de los pares ortólogos. Finalmente, los perfiles de expresión de los genes SSM/SLSM fueron detectados utilizando conjuntos de datos de ARN-seq, y se seleccionaron ocho genes candidatos sensibles al estrés para validar su expresión a través de qPCR (reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real). Según el análisis de la red de co-expresión, la correlación entre el gen LSM7-7A y genes relacionados fue ilustrada a través del análisis de enriquecimiento de Ontología Génica (GO). Además, el gen LSM7-7A estaba relacionado con el gen homólogo de tolerancia a la sal RCY1. Esta investigación identificó sistemáticamente a los candidatos completos de genes SSM/SLSM y sus características en trigo y sus progenitores, y proporcionó pistas para una mejor comprensión de su contribución durante el proceso de poliploidía del trigo.