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Investigación a nivel genómico de los genes SM/LSM del esporádico en trigo (L.) y sus progenitores

Autores: Gao, Ruiting; Su, Ning; Pan, Wenqiu; Bao, Qiaoyu; Li, Zhen; Nie, Xiaojun; Tong, Wei; Song, Weining

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2021

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Acceso abierto

Artículo científico
2021

Investigación a nivel genómico de los genes SM/LSM del esporádico en trigo (L.) y sus progenitores


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Agronomía y Ciencia de los Cultivos

Palabras clave

Genes de empalme
Trigo
SSM/SLSM
Empalme de ARN
Filogenético.

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 21

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los genes SSM/SLSM (spliceosomal Smith (SM)/SM-like (LSM)) son los componentes centrales del esplíceosoma en eucariotas, que desempeñan un papel importante en la regulación del empalme del ARN, participando en diversos procesos biológicos. Aunque se ha detectado en plantas como y arroz, los miembros y la importancia de la familia de genes SSM/SLSM en trigo aún no se han informado. En este estudio, identificamos los genes SSM/SLSM en trigo y sus progenitores a escala genómica, donde se identificaron 57 genes SSM/SLSM en trigo, junto con 41, 17 y 19 encontrados en , , y . Además, se analizaron sistemáticamente su relación filogenética, estructuras génicas, motivos conservados y elementos cis-reguladores. Mediante análisis de sintenia, se encontró una buena colinealidad de los genes SSM/SLSM entre el trigo panadero y los genomas de sus progenitores, y la distribución de los genes SMD2 en los cromosomas 5A, 4B y 4D del trigo ubicados en el modelo cromosómico 4AL-5AL-7BS, debido a la translocación. Luego, los genes seleccionados positivamente fueron investigados más a fondo basados en el análisis de la relación no sinónimo a sinónimo (dN/dS) de los pares ortólogos. Finalmente, los perfiles de expresión de los genes SSM/SLSM fueron detectados utilizando conjuntos de datos de ARN-seq, y se seleccionaron ocho genes candidatos sensibles al estrés para validar su expresión a través de qPCR (reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real). Según el análisis de la red de co-expresión, la correlación entre el gen LSM7-7A y genes relacionados fue ilustrada a través del análisis de enriquecimiento de Ontología Génica (GO). Además, el gen LSM7-7A estaba relacionado con el gen homólogo de tolerancia a la sal RCY1. Esta investigación identificó sistemáticamente a los candidatos completos de genes SSM/SLSM y sus características en trigo y sus progenitores, y proporcionó pistas para una mejor comprensión de su contribución durante el proceso de poliploidía del trigo.

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