Investigación a Nivel de Pan-Genoma y Análisis de Expresión de la Familia de Genes en Maíz
Autores: Zhao, Fangfang; Li, Xia; Chen, Ziqi; Guo, Changhong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Investigación a Nivel de Pan-Genoma y Análisis de Expresión de la Familia de Genes en Maíz
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Factor de transcripción
Maíz
Genes
Relación Ka/Ks
Estrés abiótico
Niveles de expresión
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
GATA es un factor de transcripción crucial involucrado en el crecimiento, desarrollo y respuestas de las plantas al estrés abiótico. Por lo tanto, identificar y explorar los factores de transcripción GATA en el maíz es de gran importancia. En este estudio, identificamos 75 genes basados en el pan-genoma del maíz, que incluye 26 genomas de maíz de alta calidad. Estos consisten en 58 genes centrales (presentes en todas las 26 líneas), 12 genes no esenciales (presentes en 2 a 23 líneas), 2 genes casi centrales (presentes en 24 a 25 líneas) y 3 genes privados (presentes en solo 1 línea). Al evaluar la relación Ka/Ks de los genes en 26 variedades de maíz, encontramos que las relaciones Ka/Ks de , , , y eran mayores que 1, lo que puede indicar que estos cuatro genes están bajo selección positiva. En contraste, las relaciones Ka/Ks de otros genes eran menores que 1, lo que sugiere que estos genes pueden estar bajo selección purificadora. En los 26 genomas de maíz, observamos una diferencia significativa en la expresión de entre variedades afectadas por variaciones estructurales (SVs) y aquellas no afectadas. En ciertas variedades, las SVs alteraron estructuras conservadas. Además, analizamos los niveles de expresión de genes en diferentes tejidos de maíz y bajo estrés abiótico. y se expresaron altamente en el endospermo, influyendo así en la síntesis de almidón, mientras que , , , , y se encontraron asociados con respuestas al estrés abiótico. Estos hallazgos proporcionan nuevos recursos valiosos para la investigación funcional sobre .
Descripción
GATA es un factor de transcripción crucial involucrado en el crecimiento, desarrollo y respuestas de las plantas al estrés abiótico. Por lo tanto, identificar y explorar los factores de transcripción GATA en el maíz es de gran importancia. En este estudio, identificamos 75 genes basados en el pan-genoma del maíz, que incluye 26 genomas de maíz de alta calidad. Estos consisten en 58 genes centrales (presentes en todas las 26 líneas), 12 genes no esenciales (presentes en 2 a 23 líneas), 2 genes casi centrales (presentes en 24 a 25 líneas) y 3 genes privados (presentes en solo 1 línea). Al evaluar la relación Ka/Ks de los genes en 26 variedades de maíz, encontramos que las relaciones Ka/Ks de , , , y eran mayores que 1, lo que puede indicar que estos cuatro genes están bajo selección positiva. En contraste, las relaciones Ka/Ks de otros genes eran menores que 1, lo que sugiere que estos genes pueden estar bajo selección purificadora. En los 26 genomas de maíz, observamos una diferencia significativa en la expresión de entre variedades afectadas por variaciones estructurales (SVs) y aquellas no afectadas. En ciertas variedades, las SVs alteraron estructuras conservadas. Además, analizamos los niveles de expresión de genes en diferentes tejidos de maíz y bajo estrés abiótico. y se expresaron altamente en el endospermo, influyendo así en la síntesis de almidón, mientras que , , , , y se encontraron asociados con respuestas al estrés abiótico. Estos hallazgos proporcionan nuevos recursos valiosos para la investigación funcional sobre .