La respuesta de los hábitats y organismos bentónicos a la intensidad de la pesca de contacto con el fondo se investiga en áreas marinas protegidas (AMP) de la ZEE alemana en el Mar del Norte y el Mar Báltico. Examinamos el estado actual de la biodiversidad de la macrofauna en 2020-2022. El análisis comparativo de la macrofauna (infauna y epifauna) que habita en nueve AMP de Natura 2000 constituye una línea base para evaluar los efectos de la exclusión de la pesca de contacto con el fondo en el futuro. Se resumen y discuten brevemente aspectos de variabilidad espacial y temporal. Proporcionamos una lista de especies para cada región, incluyendo 481 taxones, de los cuales 79 se encontraron en ambas regiones, 183 solo en el Mar del Norte y 219 solo en el Mar Báltico. Sorprendentemente, el conjunto de datos del Mar Báltico incluyó un mayor número de taxones y reveló más especies de la Lista Roja. La proporción de los principales grupos taxonómicos (poliquetos, bivalvos y anfípodos) en la riqueza de especies mostró peculiaridades comunes entre las dos regiones. En el Mar del Norte, el análisis multivariante de la estructura de la comunidad reveló una similitud interna significativamente mayor y una separación más fuerte entre las AMP consideradas en comparación con las AMP del Báltico. La salinidad, la temperatura y las fracciones de sedimento de arena fueron responsables de más del 60% de la variación en los datos de ocurrencia de la macrofauna del Mar del Norte. La salinidad, la fracción de lodo y la pesca de contacto con el fondo fueron los impulsores más importantes en el Mar Báltico y, junto con otros impulsores ambientales considerados, fueron responsables del 53% de la variación. Este estudio identifica aspectos de la ocurrencia de la macrofauna que pueden ser utilizados para evaluar (las causas de) cambios futuros.