Las sequías reducen la disponibilidad de agua dulce y tienen impactos negativos ambientales, económicos y sociales. En los estuarios, la dinámica entre el agua salada y el agua dulce puede verse afectada durante las sequías, lo que puede impactar negativamente varios recursos naturales y sectores económicos. El estuario del Tajo es uno de los estuarios más grandes de Europa y apoya diversos usos y actividades que pueden verse afectadas por la intrusión de agua salada (por ejemplo, la agricultura). Este estudio evalúa la intrusión de agua salada en las partes altas del estuario del Tajo utilizando un modelo basado en procesos para explorar diferentes escenarios de descarga de agua dulce y aumento del nivel del mar. Para los escenarios de descarga del río y aumento medio del nivel del mar analizados, la salinidad puede alcanzar concentraciones que son inadecuadas para el riego cuando la descarga media del río Tajo es similar o inferior a las observadas durante las recientes sequías (22-44 m/s). Descargas de río más bajas agravan las consecuencias. Los resultados también muestran que la salinidad aumenta con la duración de las sequías. En contraste, el impacto de un aumento moderado del nivel del mar en la intrusión de salinidad es modesto en comparación con el impacto de las bajas descargas del río. Estos hallazgos contribuyen a apoyar la gestión de las actividades agrícolas en la parte alta del estuario del Tajo y los recursos hídricos en la cuenca del río Tajo.