Los parientes silvestres de la papa cultivada se utilizan en el mejoramiento para aumentar la diversidad genética de las variedades del genoma (AAAA). Se utilizó una especie silvestre mexicana alotetraploide (genoma AABB) en el mejoramiento para lograr una resistencia extrema a los virus y al tizón tardío. En este estudio, la hibridación in situ genómica (GISH) se utilizó para visualizar la introgresión de material genético del subgenoma B en el genoma de los híbridos retrocruzados. El híbrido hexaploide fértil tenía 48 cromosomas del genoma A y 24 cromosomas del subgenoma B. Las plantas de la generación BC eran pentaploides con una constitución genómica AAAAB y tres híbridos BC seleccionados eran aneuploides, conteniendo de uno a seis cromosomas del subgenoma B y 48 cromosomas del genoma A. El subgenoma B se heredó en las generaciones de retrocruce como cromosomas individuales y en casos raros como cromosomas recombinantes. El GISH mostró que el apareamiento de cromosomas en los híbridos retrocruzados era predominantemente intragenómico. La mayoría de los cromosomas del subgenoma B permanecieron como univalentes en los híbridos retrocruzados. Se detectó un raro apareamiento de cromosomas homeólogos A/B en todos los híbridos analizados. Los datos obtenidos indican que el subgenoma B fue capaz de recombinarse con el genoma A.