Uno de los principales problemas en la producción de cacao en Ecuador es la enfermedad causada por el hongo (pudrición parda) que afecta a las vainas. Aquí evaluamos la diversidad genética de este hongo en Ecuador, y su sensibilidad al fungicida azoxistrobina. Evaluamos 76 cultivos monospóricos de las regiones amazónica y de la costa del Pacífico. Los ensayos de sensibilidad in vitro probaron varias dosis del fungicida azoxistrobina para determinar el porcentaje de inhibición del crecimiento y el CI. Concentraciones de 1 a 0.1 ug/mL inhibieron el crecimiento de al menos el 91% de los aislamientos. Tres aislamientos fueron menos sensibles (CI = 0.0220-0.0364 ug/mL), dos de Guayas (costa del Pacífico) y uno de la provincia de Sucumbíos (Amazonía). Sin embargo, es altamente sensible y podría ser utilizado en el manejo integrado de la enfermedad. Los análisis genéticos se llevaron a cabo amplificando marcadores microsatélites (SSR). Todas las estadísticas de diversidad genética muestran una mayor diversidad en la Amazonía en comparación con las muestras de la región costera; sin embargo, la varianza molecular fue baja (F = 0.11). El análisis discriminante distingue claramente tres grupos concurrentes con las provincias (Sucumbíos, Orellana y El Oro) y un grupo con el resto de las provincias. Las redes de expansión mínima muestran, de manera inesperada, que los de la costa derivaron de al menos tres introducciones independientes de la Amazonía. Los hallazgos se discuten a la luz de estudios genéticos panamericanos previos e informes históricos disponibles.