El uso generalizado de sistemas de cultivos intercalados ha sido limitado debido a la falta de conocimiento sobre los factores clave que afectan el rendimiento de los componentes del cultivo intercalado. Utilizamos modelado lineal general para explicar el efecto de diferentes sistemas de cultivo en las relaciones entre el rendimiento, el peso de mil granos (TKW) y la proteína cruda de los cultivos de cereales bajo las mismas condiciones agroecológicas y con inóculos de patógenos obligados que ocurren de forma natural. Los resultados de nuestro estudio mostraron que la variación del rendimiento bajo fluctuaciones extremas en las condiciones climáticas podría reducirse mediante el cultivo intercalado. Los índices de enfermedad de la roya de las hojas y el oídio dependían en gran medida del tipo de cultivo. Las relaciones entre los niveles de infección patógena y los rendimientos no eran directas y dependían en gran medida de los potenciales de rendimiento de las variedades. Nuestro estudio indicó que los cambios en el rendimiento, el TKW y la proteína cruda, así como sus relaciones durante el cultivo intercalado, eran específicos de la variedad y, por lo tanto, no eran los mismos entre todos los cultivos de cereales expuestos a las mismas condiciones agroecológicas.