Estudios recientes destacan la fragilidad de la cuenca mediterránea frente a las tensiones climáticas y las dificultades para gestionar el desarrollo sostenible de los recursos hídricos subterráneos. En este trabajo, se han identificado los principales problemas relacionados con la gestión de aguas subterráneas desde la perspectiva de los interesados en las siguientes cuatro áreas mediterráneas representativas con estrés hídrico: el acuífero costero de Comacchio (Italia), el acuífero Alto Guadalentín (España), el acuífero aluvial de la cuenca del río Gediz (Turquía) y el acuífero de Azraq (Reserva de Humedales de Azraq, Jordania). Esto se ha logrado diseñando una metodología para involucrar y comprometer a un conjunto representativo de interesados, incluyendo un cuestionario para conocer su punto de vista sobre la gestión actual de los sistemas de acuíferos y su experiencia con las herramientas ya disponibles para la gestión de recursos hídricos subterráneos, como redes de monitoreo y modelos numéricos. El resultado de la encuesta nos ha permitido identificar tanto desafíos particulares como comunes entre los cuatro sitios de estudio y entre los diversos grupos de interesados. Esta información proporciona valiosos conocimientos para mejorar la transferencia de conocimiento científico de los centros de investigación a las autoridades que gestionan los recursos hídricos subterráneos y ayudará a planificar actividades de investigación más efectivas sobre la gestión de acuíferos. La metodología propuesta podría aplicarse en otros acuíferos que enfrentan problemas similares.