Las comunidades microbianas encontradas en entornos áridos están comúnmente representadas por costras biológicas del suelo (BSC) y ensamblajes endolíticos. Aún hay un conocimiento limitado sobre los endolitos y las BSC que ocurren en el desierto frío de montaña del Pamir. El objetivo del estudio fue investigar la composición y estructura de las comunidades bacterianas endolíticas en comparación con las BSC circundantes en tres subregiones del Pamir Oriental (Tayikistán). Las comunidades endolíticas y las BSC se estudiaron utilizando técnicas independientes de cultivo y dependientes de cultivo. La estructura de las comunidades bacterianas endolíticas se puede caracterizar como Actinobacteria-Proteobacteria-Bacteroidetes-Chloroflexi-Cyanobacteria, mientras que las BSC se pueden describir como ensamblajes de Proteobacteria-Actinobacteria-Bacteroidetes-Cyanobacteria con baja representación de otras bacterias. Las comunidades cianobacterianas endolíticas se caracterizaron por el alto porcentaje de Chroococcidiopsaceae, Nodosilineaceae, Nostocaceae y Thermosynechococcaceae, mientras que en las BSC estaban dominadas por Nodosilineaceae, Phormidiaceae y Nostocaceae. El análisis de los genes 16S rRNA de los cultivos cianobacterianos reveló la presencia de especies posiblemente nuevas de , y . A pesar de la especificidad de los nichos, que está relacionada con la influencia de factores microambientales en la composición y estructura de las comunidades endolíticas, nuestros resultados ilustran la interrelación entre los endolitos y las BSC circundantes en algunas regiones. La estructura de las comunidades cianobacterianas de las BSC fue la única que demostró algunas diferencias subregionales.