Las líneas de adición de alienígenas monosómicos en serie (MAALs) proporcionan un sistema ideal para elucidar las interacciones transcriptómicas entre los cromosomas alienígenas y el genoma receptor bajo aneuploidía. En este estudio, se analizaron cinco MAALs disponibles (CCB1, CCB4, CCB5, CCB6, CCB8), sus plantas derivadas (no MAALs) y dos padres para sus expresiones génicas utilizando tecnología de alto rendimiento. En comparación con los padres, todos los MAALs mostraron varios números de DEGs, pero CCB8 presentó muchos más DEGs; el número de DEGs regulados a la baja fue ligeramente mayor que el número de los regulados al alza, excepto en relación con CCB8. Todas las plantas derivadas también mostraron ciertos números de DEGs, aunque estos fueron mucho más bajos que en los respectivos MAALs. En comparación, en los cinco MAALs más DEGs fueron regulados a la baja que al alza. Los efectos negativos fueron probablemente más prevalentes que los efectos positivos, y estos DEGs estaban predominantemente asociados con el transporte de material al desregular el componente celular. Mientras tanto, los genes ortólogos en los cromosomas alienígenas solo podían desempeñar un papel compensatorio débil para esos pares de genes en el subgenoma C, y diferentes niveles de los genes expresados tenían una mayor tendencia hacia la regulación a la baja. Estos resultados revelaron patrones de respuesta aneuploide transcripcional entre dos genomas y sugirieron que los mecanismos positivos y negativos regulaban sinérgicamente las transcripciones de genes alienígenas después de la hibridación distante.