En la era de la industrialización, numerosos contaminantes no biodegradables como plásticos, metales pesados, bifenilos policlorados y varios agroquímicos son una preocupación seria. Estos compuestos tóxicos dañinos representan una amenaza grave para la seguridad alimentaria porque entran en la cadena alimentaria a través de tierras agrícolas y agua. Se utilizan técnicas físicas y químicas para eliminar metales pesados del suelo contaminado. La interacción microbiana-metal, una estrategia novedosa pero poco utilizada, podría emplearse para reducir el estrés causado por metales en las plantas. La biorremediación es efectiva y ecológica para recuperar áreas con altos niveles de contaminación por metales pesados. En este estudio, se examina el mecanismo de acción de las bacterias endofíticas que promueven el crecimiento y la supervivencia de las plantas en suelos contaminados, conocidas como microorganismos promotores del crecimiento de plantas tolerantes a metales pesados (HMT-PGP), y su función en el control del estrés metálico en las plantas. Se han identificado numerosas especies bacterianas, como Arthrobacter, Bacillus, Burkholderia, Pseudomonas y Stenotrophomonas, así como algunos hongos, como Mucor, Talaromyces, Trichoderma, y Archaea, como Natrialba y Haloferax, que también se han reconocido como recursos biológicos potentes para la limpieza biológica. En este estudio, también enfatizamos el papel de las bacterias promotoras del crecimiento de plantas (PGPB) en el apoyo a la biorremediación económica y ecológica de metales pesados peligrosos. Este estudio también destaca el potencial y las limitaciones futuras, los enfoques integrados de metabolómica y el uso de nanopartículas en la biorremediación microbiana de metales pesados.