La literatura está llena de estudios que informan sobre problemas ambientales y de salud relacionados con el uso de pesticidas tradicionales en la producción y almacenamiento de alimentos. Afortunadamente, han surgido alternativas en las últimas décadas, demostrando que la agricultura orgánica es posible y económicamente viable. Y en este escenario, los hongos pueden ser útiles. En el entorno natural, cuando se asocian con plantas, estos microorganismos ofrecen moléculas que promueven el crecimiento de las plantas, facilitan la absorción de nutrientes y antagonizan a los fitopatógenos. Es cierto que los hongos también pueden ser fitopatógenos, pero incluso ellos pueden beneficiar a la agricultura de alguna manera; dado que la patogenicidad es específica de la especie, se ha demostrado que estos hongos son útiles contra las malas hierbas (como bioherbicidas). Finalmente, las levaduras y mohos asociados a las plantas son biofábricas naturales, y los metabolitos que producen mientras habitan en hojas, flores, raíces o la rizosfera tienen el potencial de ser empleados en diferentes actividades industriales. Al abordar todos estos temas, este manuscrito revisa de manera integral los usos biotecnológicos de los hongos asociados a las plantas y, además, tiene como objetivo sensibilizar a académicos, investigadores e inversores sobre nuevas alternativas para procesos de producción más saludables y respetuosos con el medio ambiente.