La eficiencia de las rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPR) puede no mantenerse de manera consistente en condiciones de campo debido a la influencia de las comunidades microbianas del suelo. El presente estudio tiene como objetivo investigar su impacto en tres biofertilizantes a base de PGPR en trigo. Utilizamos la cepa B2 (PB2) de PGPR, PB2 en co-inoculación con 4042 (Mezcla 2), o con spp. SSM-004 y spp. SSM-001 (Mezcla 3). La inoculación de PB2, Mezcla 2 y Mezcla 3 en suelo de campo no estéril tuvo un efecto positivo en la biomasa seca de raíces y parte aérea, dependiendo de la variedad de trigo. La eficiencia de los PGPR se confirmó aún más por la protección que proporcionaron contra , el agente causal de la enfermedad de manchas foliares de Septoria. PB2 mostró una protección de >=37.8%, mientras que la Mezcla 2 mostró >=47.9% de protección en las cuatro variedades probadas. Estos resultados sugieren que las interacciones entre los PGPR y las comunidades microbianas nativas del suelo son cruciales para promover el crecimiento del trigo y la protección. Además, la secuenciación de alto rendimiento de las comunidades microbianas realizada 7 días después de las inoculaciones de PGPR no reveló efectos negativos de PB2, Mezcla 2 y Mezcla 3 sobre la estructura de la comunidad microbiana del suelo. Curiosamente, la presencia de spp. pareció mitigar el potencial efecto negativo de PB2 sobre la comunidad bacteriana y fomentar la colonización de raíces por otras cepas bacterianas beneficiosas.