El modo de alimentación es un factor importante que afecta el rendimiento reproductivo de los cerdos. La composición y expresión de la microbiota intestinal están estrechamente relacionadas con los indicadores fisiológicos y bioquímicos de los animales. Por lo tanto, para explorar el impacto de diferentes patrones de alimentación en el rendimiento reproductivo de los cerdos, este estudio recopiló datos de rendimiento reproductivo de 1607 cerdos Yorkshire criados bajo diferentes patrones de alimentación y realizó un análisis de varianza de efectos fijos. De ellos, 731 estaban en el grupo de alimentación artificial (AM) y 876 en el grupo de alimentación en estación (SM). Además, se seleccionaron aleatoriamente 40 cerdas Yorkshire en el período de gestación tardía de cada modo de alimentación para el análisis de la microbiota intestinal. Los resultados del análisis mostraron que, en el grupo AM, tanto el número de deformidades al nacer (NBD) como el número de mortinatos (NSB) fueron significativamente mayores que en el grupo SM (< 0.05). Además, el total de nacidos (TNB) en el grupo AM fue significativamente menor que en el grupo SM (< 0.05). Los resultados del análisis de la microbiota intestinal revelaron que, a nivel de filo, hubo diferencias significativas en nueve taxones bacterianos entre los grupos AM y SM (< 0.05). A nivel de género, la abundancia de una variedad de bacterias beneficiosas relacionadas con el rendimiento reproductivo en el grupo SM fue significativamente mayor que en el grupo AM. Finalmente, el análisis metabolómico fecal reveló que los contenidos de ácido butírico, ácido isovalérico, ácido valérico y ácido isobutírico, que están asociados con el rendimiento reproductivo, en las heces de las cerdas del grupo SM fueron significativamente más altos que en el grupo AM (< 0.05). Estos resultados indican que diferentes métodos de alimentación pueden afectar la composición de la microbiota intestinal de los cerdos Yorkshire y, a su vez, influir en el rendimiento reproductivo de los cerdos a través de la vía de productos metabólicos de la microbiota intestinal. Los resultados de este estudio proporcionan información valiosa para explorar más a fondo las relaciones entre los modos de alimentación, la composición microbiana intestinal y los fenotipos del hospedador.