Las altas temperaturas retrasan la tuberización y disminuyen los rendimientos de la papa (L.). Sin embargo, los mecanismos moleculares y las redes regulatorias subyacentes a la tuberización bajo altas temperaturas siguen siendo en gran medida desconocidos. Aquí, realizamos la secuenciación de mRNA y miRNA de hojas y tallos para identificar genes y redes regulatorias involucradas en la tuberización bajo altas temperaturas. Se identificaron un total de 2804 y 5001 genes expresados diferencialmente (DEGs) bajo estrés por altas temperaturas en hojas y tallos, respectivamente. Estos genes se enriquecieron significativamente en términos de ontología genética relacionados con el desarrollo del meristemo, el proceso biosintético de sacarosa y la respuesta al calor. Mientras tanto, se identificaron 101 y 75 miARNs expresados diferencialmente (DEmiARNs) en hojas y tallos, respectivamente. Construimos una red de interacción entre DEmiARNs y DEGs, identificando 118 y 150 pares DEmiARN-DEG en hojas y tallos, respectivamente. Encontramos tres módulos candidatos de miARN-mRNA involucrados en la tuberización bajo altas temperaturas, incluyendo /, /, y /. Nuestro estudio construyó una red de interacción entre miARNs y genes objetivo y propone módulos candidatos de miARN-gene que regulan la formación de tubérculos bajo altas temperaturas. Nuestro estudio proporciona nuevas perspectivas para revelar el mecanismo regulador de la inhibición de la tuberización por altas temperaturas y también proporciona recursos genéticos para mejorar la tolerancia al calor en las papas.