Las semillas de lino (L.) son una planta con una amplia gama de usos medicinales, de salud, nutricionales e industriales. Este estudio evaluó el potencial genético de las semillas amarillas y marrones en treinta familias F4 bajo diferentes condiciones de agua en relación con el rendimiento de semillas, contenido de aceite, proteína, fibra, mucílago y lignanos. El estrés hídrico afectó negativamente el rendimiento de semillas y aceite, mientras que afectó positivamente el contenido de mucílago, proteína, lignanos y fibra. La comparación de medias totales mostró que bajo condiciones de humedad normal, el rendimiento de semillas (209.87 g/m) y la mayoría de los rasgos de calidad, incluyendo aceite (30.97%), secoisolariciresinol diglucósido (13.89 mg/g), aminoácidos como arginina (1.17%) e histidina (1.95%), y mucílago (9.57 g/100 g) fueron más altos en los genotipos de semillas amarillas que en los marrones ((188.78 g/m), (30.10%), (11.66 mg/g), (0.62%), (1.87%), y (9.35 g/100 g), respectivamente). Bajo condiciones de estrés hídrico, los genotipos de semillas marrones tenían una mayor cantidad de fibra (16.74%), rendimiento de semillas (140.04 g/m), proteína (239.02 mg/g), metionina (5.04%), y metabolitos secundarios como secoisolariciresinol diglucósido (17.09 mg/g), mientras que sus cantidades en familias con semillas amarillas fueron 14.79%, 117.33 g/m, 217.12 mg/g, 4.34%, y 13.98 mg/g, respectivamente. Basado en los objetivos alimentarios previstos, diferentes genotipos de color de semilla pueden ser apropiados para el cultivo en diferentes ambientes de humedad.