El cultivo monocultivo en plantaciones de té en terrazas ha llevado a una grave degradación del suelo, lo que representa una amenaza significativa para el crecimiento de las plantas de té. Sin embargo, los mecanismos mediante los cuales los sistemas de cultivo intercalado mejoran la salud del suelo a través de la regulación de las comunidades microbianas del suelo a escala microtopográfica de las plantaciones de té en terrazas (es decir, superficie de la terraza, entre hileras y pared de la terraza) aún no están claros. Este estudio investiga los efectos del cultivo intercalado en una plantación de té de cinco años en las propiedades físico-químicas del suelo, actividades enzimáticas y estructura y funciones de la comunidad microbiana en diferentes características microtopográficas de las plantaciones de té en terrazas en la Montaña Wuyi. Los resultados indican que el cultivo intercalado mejoró significativamente la materia orgánica del suelo, los nutrientes disponibles y las actividades enzimáticas redox en la entre hilera, la superficie de la terraza y la pared de la terraza, con los efectos disminuyendo gradualmente con la distancia creciente desde la rizosfera de la planta de té. En el grupo de cultivo intercalado, el rendimiento de las hojas de té aumentó en un 13,17% (peso fresco) y un 19,29% (peso seco) en comparación con el monocultivo, y los índices de enfermedad de las hojas nuevas y viejas disminuyeron en un 40,63% y un 38,7%, respectivamente. El cultivo intercalado fortaleció la modularidad de las redes bacterianas y el papel de la estocasticidad en la conformación de las comunidades bacterianas en diferentes entornos microtopográficos, en contraste con los patrones observados en las comunidades fúngicas. La importancia de los filos microbianos como Proteobacteria y Ascomycota en diferentes características microtopográficas fue significativamente regulada por el cultivo intercalado. En diferentes zonas microtopográficas de la plantación de té en terrazas, géneros bacterianos beneficiosos como , y fueron enriquecidos significativamente, mientras que posibles patógenos fúngicos como , y fueron notablemente suprimidos. Las anotaciones funcionales revelaron que las funciones de ciclado de nitrógeno fueron particularmente mejoradas en los suelos entre hileras, mientras que las funciones de ciclado de carbono fueron más prominentes en la superficie y la pared de la terraza. Este estudio arroja luz sobre los mecanismos regulatorios sinérgicos entre la heterogeneidad microtopográfica y los sistemas de cultivo intercalado, ofreciendo apoyo teórico para mitigar la degradación del suelo y optimizar las estrategias de manejo en los agroecosistemas de té en terrazas.