Complementariedades electrostáticas de los receptores de células T residentes en glioblastoma y antígenos testiculares cancerosos vinculados a malos resultados y altos niveles de expresión de la quinasa de esfingosina-2
Autores: Arias, Miguel A.; Cios, Konrad J.; Kacsoh, Dorottya B.; Montgomery, Bailey E.; Song, Joanna J.; Patel, Anishaa R.; Chobrutskiy, Andrea; Chobrutskiy, Boris I.; Blanck, George
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Complementariedades electrostáticas de los receptores de células T residentes en glioblastoma y antígenos testiculares cancerosos vinculados a malos resultados y altos niveles de expresión de la quinasa de esfingosina-2
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Glioblastoma
Receptor inmune
CDR3
Puntuaciones de complementariedad
Antígenos testiculares de cáncer
Supervivencia libre de enfermedad
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 19
Citaciones: Sin citaciones
Introducción. El glioblastoma (GBM) es el tumor cerebral primario más agresivo en adultos. A pesar de una comprensión creciente de la patología del glioblastoma, el pronóstico sigue siendo pobre. Métodos. En este estudio, utilizamos un algoritmo previamente ampliamente evaluado para recuperar lecturas de recombinación de receptores inmunes (IR) de archivos de exoma de GBM disponibles en el atlas del genoma del cáncer. Las secuencias de aminoácidos de la región determinante de complementariedad del receptor de células T-3 (CDR3) que representan las lecturas de recombinación de IR fueron evaluadas y utilizadas para la generación de puntajes de complementariedad química (CS) que representan interacciones de unión potencial con antígenos de testículo canceroso (CTA), lo cual es un enfoque particularmente adecuado para un entorno de grandes datos. Resultados. Los CS electrostáticos que representan los CDR3 de TRA y TRB y los CTA, SPAG9, GAGE12E y GAGE12F, indicaron que un aumento en el CS electrostático estaba asociado con una peor supervivencia libre de enfermedad (DFS). También evaluamos la expresión de ARN de genes marcadores inmunes, que indicaron que una alta expresión de los genes SPHK2 y CIITA también se correlacionó con altos CS y peor DFS. Además, se reveló que la expresión de genes relacionados con la apoptosis era más baja cuando los CS electrostáticos de CDR3-CTA del TCR eran altos. Conclusión. Las lecturas de recombinación adaptativa de IR de archivos de exoma tienen el potencial de ayudar en los pronósticos de GBM y pueden proporcionar oportunidades para detectar respuestas inmunes improductivas.
Descripción
Introducción. El glioblastoma (GBM) es el tumor cerebral primario más agresivo en adultos. A pesar de una comprensión creciente de la patología del glioblastoma, el pronóstico sigue siendo pobre. Métodos. En este estudio, utilizamos un algoritmo previamente ampliamente evaluado para recuperar lecturas de recombinación de receptores inmunes (IR) de archivos de exoma de GBM disponibles en el atlas del genoma del cáncer. Las secuencias de aminoácidos de la región determinante de complementariedad del receptor de células T-3 (CDR3) que representan las lecturas de recombinación de IR fueron evaluadas y utilizadas para la generación de puntajes de complementariedad química (CS) que representan interacciones de unión potencial con antígenos de testículo canceroso (CTA), lo cual es un enfoque particularmente adecuado para un entorno de grandes datos. Resultados. Los CS electrostáticos que representan los CDR3 de TRA y TRB y los CTA, SPAG9, GAGE12E y GAGE12F, indicaron que un aumento en el CS electrostático estaba asociado con una peor supervivencia libre de enfermedad (DFS). También evaluamos la expresión de ARN de genes marcadores inmunes, que indicaron que una alta expresión de los genes SPHK2 y CIITA también se correlacionó con altos CS y peor DFS. Además, se reveló que la expresión de genes relacionados con la apoptosis era más baja cuando los CS electrostáticos de CDR3-CTA del TCR eran altos. Conclusión. Las lecturas de recombinación adaptativa de IR de archivos de exoma tienen el potencial de ayudar en los pronósticos de GBM y pueden proporcionar oportunidades para detectar respuestas inmunes improductivas.