Las praderas marinas albergan comunidades bacterianas con las que constituyen una unidad funcional que responde en su conjunto a los cambios ambientales. Las comunidades bacterianas epifíticas responden rápidamente tanto a factores bióticos como abióticos, contribuyendo potencialmente a la aptitud del hospedador. El migrante lessepsiano tiene una alta plasticidad fenotípica y alberga una comunidad bacteriana epifítica altamente diversa, lo que podría apoyar su capacidad invasiva en el mar Mediterráneo. El presente estudio tuvo como objetivo evaluar la competencia en el mar Egeo analizando cada una de las dos praderas marinas en una zona de pradera donde se entremezclaban, así como en sus zonas monospecíficas, a dos profundidades. Se evaluaron las diferencias en los holobiontes utilizando descriptores de praderas marinas (morfométricos, bioquímicos, elementales y de composición isotópica) para evaluar los cambios en el hospedador, y el gen 16S rRNA para identificar la estructura y composición de la comunidad bacteriana. Se utilizó un Índice de Especies Indicadoras para identificar bacterias significativamente asociadas con cada hospedador. En praderas mixtas, se demostró que la nativa se veía afectada por la presencia de la exótica, en términos de descriptores de plantas y comunidades bacterianas, mientras que solo respondía a factores ambientales en lugar de a la proximidad. Este estudio proporcionó evidencia de la ventaja competitiva de en el mar Egeo y sugiere el posible uso de comunidades bacterianas asociadas como un descriptor ecológico de praderas marinas.