El nudo negro (BK) es una enfermedad mortal de las ciruelas europeas y japonesas causada por el hongo hemibiótrofo. Generalmente, los fitopatógenos obstaculizan el equilibrio de las fitohormonas de defensa primaria, como el equilibrio entre el ácido salicílico (SA) y el ácido jasmonico (JA), para la progresión de la enfermedad. Así, cuantificamos los niveles de fitohormonas importantes en tejidos de genotipos susceptibles y resistentes pertenecientes a ciruelas europeas y japonesas en cinco momentos diferentes. Nuestros resultados anteriores sugirieron que la interacción entre auxinas y citoquininas impulsada por era vital en la progresión de la enfermedad al obstaculizar el sistema de defensa de la planta. Aquí, mostramos además que tal obstaculización de la progresión de la enfermedad probablemente está mediada por la perturbación en SA, JA y, en cierta medida, en el ácido giberélico. Los resultados indican además que SA y JA en la defensa de las plantas no siempre son necesariamente antagónicos como sugieren la mayoría de los estudios, sino que pueden ser diferentes, especialmente en perennes leñosas. En conjunto, nuestros resultados sugieren que los cambios en los niveles de fitohormonas, especialmente en términos de contenido de SA y JA debido a la infección y progresión de BK en las ciruelas, podrían utilizarse como marcadores fitohormonales en la identificación de cultivares resistentes al BK.