Los microbiomas de plantas proporcionan ventajas significativas de fitness a sus anfitriones vegetales, especialmente en el cinturón subnival. Los estudios hasta la fecha se han centrado principalmente en las comunidades subterráneas en esta región. Aquí, utilizamos secuenciación de ADN de alto rendimiento para cuantificar comunidades bacterianas en el suelo de la rizosfera, así como en los compartimentos de la endosfera de raíces y hojas, para descubrir la diferenciación y las interconexiones de estas comunidades bacterianas a lo largo del continuo suelo-planta. Nuestros hallazgos revelan que las comunidades bacterianas exhiben una variación notable en diferentes nichos de compartimentos vegetales: el suelo de la rizosfera, la endosfera de raíces y la endosfera de hojas. Hubo un declive progresivo en la diversidad, complejidad de la red, modularidad de la red y amplitud del nicho desde el suelo de la rizosfera hasta la endosfera de raíces, y más allá hasta la endosfera de hojas. Por el contrario, tanto el efecto de selección de la planta anfitriona como la estabilidad de estas comunidades mostraron una tendencia creciente. El nitrógeno total y el potasio total emergieron como factores cruciales que explican las diferencias observadas en diversidad y composición, respectivamente. Además, el 3.6% de las variantes de secuencia de amplicón (ASVs) se compartieron entre el suelo de la rizosfera, la endosfera de raíces y la endosfera de hojas. El análisis de seguimiento de fuentes reveló además la migración de comunidades bacterianas entre estos compartimentos. Los géneros constituyeron el núcleo del microbioma bacteriano. Estos taxones se comparten en los tres nichos de compartimentos y funcionan como especies clave conectores. Notablemente, se destaca como el taxón predominante entre estas bacterias, siendo el nitrógeno el factor más significativo que influye en su abundancia relativa. Estos hallazgos profundizan nuestra comprensión de los principios de ensamblaje y la dinámica ecológica del microbioma de plantas en el cinturón subnival, ofreciendo un marco integrado para su estudio.